Erst im Sommer vor der Saison 2013/14 kam der Mittelfeldspieler von Erstliga-Absteiger Greuther Fürth zum traditionsreichen Ostseeverein und absolvierte in der abgelaufenen Saison insgesamt 26 Spiele, davon 24 in der Liga und 2 im Pokal.
"Nachdem der Verein mir mitgeteilt hat, dass er in der kommenden Saison verstärkt auf die jungen Spieler setzen wird, haben wir uns dahingehend geeinigt, dass mein noch bis zum Ende der nächsten Saison laufender Vertrag vorzeitig am 30.06.2014 enden wird. Ich werde jetzt voraussichtlich in meine Heimat zurückkehren und meinen Trainerschein machen. Ich habe mich in Rostock sehr wohl gefühlt und wünsche der Mannschaft viel Erfolg für die kommende Saison.", so Pekovic zu den Gründen für die Entscheidung.
Auch der Verein verabschiedete sich in einer Pressemitteilung öffentlich von Pekovic. "Der F.C. Hansa bedankt sich bei Milorad Pekovic für den geleisteten Einsatz und wünscht ihm für seine private und berufliche Zukunft alles Gute."