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Die besten Torschützen in der 3. Liga seit der Saison 2008/09 bis zur aktuellen Saison 2020/21. Welche Spieler erzielten die meisten Tore seit dem Bestehen der 3. Liga innerhalb von einer Saison.
| Name | Verein | Tore | Saison | |
| 1. | Stroh-Engel | Darmstadt | 27 | 2013/14 |
| 2. | Eilers | Dresden | 23 | 2015/16 |
| Klos | Bielefeld | 23 | 2014/15 | |
| Wriedt | München II | 23 | 2019/20 | |
| 5. | Pourié | Karlsruher SC | 22 | 2017/18 |
| Dorn | 22 | 2009/10 | ||
| 7. | A. Fink | Unterhaching | 21 | 2007/08 |
| Hartmann | FC Ingolstadt | 21 | 2009/10 | |
| Schäffler | Wehen | 21 | 2017/18 | |
| 10. | Fink | Chemnitz | 20 | 2012/13 |
| Bunjaku | Viktoria Köln | 20 | 2019/20 | |
| Klos | Bielefeld | 20 | 2012/13 | |
| 13. | Beck | Magdeburg | 19 | 2015/16 |
| Frahn | Leipzig | 19 | 2013/14 | |
| Hosiner | Chemnitz | 19 | 2019/20 | |
| Kumbela | Braunschweig | 19 | 2010/11 | |
| Hain | Unterhaching | 19 | 2017/18 | |
| Michel | Paderborn | 19 | 2017/18 | |
| Eilers | Dresden | 19 | 2014/15 | |
| Mayer | Heidenheim | 19 | 2010/11 | |
| 21. | Grüttner | Stuttgarter | 18 | 2012/13 |
| Girth | Meppen | 18 | 2017/18 | |
| Testroet | Dresden | 18 | 2015/16 | |
| 24. | Kobylanski | Braunschweig | 17 | 2019/20 |
| Beck | Magdeburg | 17 | 2016/17 | |
| Güvenisik | Paderborn | 17 | 2007/08 | |
| Reichwein | Erfurt | 17 | 2011/12 | |
| Taylor | 17 | 2010/11 | ||
| Janjic | Duisburg | 17 | 2014/15 | |
| Calhanoglu | Karlsruher SC | 17 | 2012/13 |